El Plan de Estudios contempla dos itinerarios: un itinerario profesionalizador, dirigido a los estudiantes cuyo interés sea la práctica de la Protección de Cultivos en cualquiera de sus vertientes, y un itinerario de investigación, dirigido a los estudiantes que contemplen la posibilidad de continuar sus estudios realizando el doctorado. Los dos itinerarios comparten algunas asignaturas comunes.El porcentaje de enseñanzas prácticas (prácticas de laboratorio, de campo, de informática y viajes) será del 40%.Los estudios se estructuran en un grupo de asignaturas obligatorias y un grupo de asignaturas optativas.
Las asignaturas obligatorias son:

• Bases de la Protección Integrada de Cultivos (5 ECTS)
• Entomología Agrícola (10 ECTS)
• Malherbología (10 ECTS)
• Patología Vegetal (10 ECTS)
• Diseño de Experimentos y Análisis de Datos (5 ECTS)
• Productos Fitosanitarios (5 ECTS)
• Programas de Protección Integrada de Cultivos (10 ECTS)
• Trabajo Fin de Máster (20 ECTS) . Proyecto experimental a desarrollar en campo o laboratorio en la UdL, la UJI, otras instituciones públicas, o también empresas previamente concertadas.

Y las asignaturas optativas:

• Introducción a la Metodología de la investigación Científica (10 ECTS)
• Biotecnología vegetal Aplicada a la Protección de Cultivos (5 ECTS)
• Geoestadística (4 ECTS)
• Química Ecológica (4 ECTS)
• Técnicas de Distribución de Productos Fitosanitarios (5 ECTS)
• Agronomía: Sistemas Agrícolas (6 ECTS)