La Maestría en Ingeniería de Sistemas ofrece a los estudiantes la oportunidad de ahondar en áreas específicas de la Ingeniería de Sistemas y reflexionar sobre las problemáticas actuales de este campo, para proponer soluciones a partir de un trabajo efectivo, reflexivo, guiado por las metodologías propias de la investigación, del que resulten propuestas aplicadas con el soporte científico necesario, en áreas como el Desarrollo de Software, Análisis y Diseño de Algoritmos, Bioinformática, Inteligencia Artificial y Simulación, Servicios TIC, Computación de Alto Desempeño, Seguridad, Inteligencia de Negocios y Minería de Datos.