La Facultad de Teología de la Universidad Loyola es el resultado de la integración en la Universidad de la Facultad de Teología de Granada, institución eclesiástica de la Compañía de Jesús de carácter universitario, canónicamente erigida por la Congregación para la Educación Católica, dedicada a la investigación y a la enseñanza de la Teología y de las ciencias que se relacionan con ella, y que tiene el derecho de conferir los grados académicos con la autoridad de la Santa Sede.
Las raíces últimas de la Facultad de Teología conectan con el antiguo Colegio de San Pablo de la Compañía de Jesús, fundado en Granada en 1554, todavía en vida de San Ignacio. Sin embargo, su origen directo es el Colegio Máximo, centro de formación para estudiantes jesuitas fundado en 1894 en los terrenos de la colina de Cartuja en Granada. El 3 de diciembre de 1939, el Colegio Máximo se transforma en Facultad de Teología “con derecho a conferir grados académicos a los miembros de la Compañía”. Paulatinamente la Facultad recibe de la Santa Sede la capacidad para conceder grados a alumnos no jesuitas, hasta su total apertura en el curso 1971-72.
Desde 2020, con la aprobación de la Congregación para la Educación Católica y del P. General de la Compañía de Jesús, la Facultad de Teología de Granada se integra como centro propio de la Universidad Loyola.