PARTE 1. BIOINFORMÁTICA
MÓDULO 1. NORMAS DE CALIDAD Y ÉTICA EN EL EMPLEO DE PROGRAMAS INFORMÁTICOS UTILIZADOS EN BIOINFORMÁTICA
UNIDAD DIDÁCTICA 1. COMPONENTES PRINCIPALES DE LOS EQUIPOS Y PROGRAMAS INFORMÁTICOS.

• 1. Unidades funcionales: Procesador, memoria y periféricos.
• 2. Arquitecturas: Microprocesadores RISC y CISC.
• 3. Redes y comunicaciones.
• 4. Sistemas operativos: Visión funcional -servicios suministrados, procesos, gestión y administración de memoria, sistemas de entrada y salida y sistemas de ficheros-.
• 5. Tipos de periféricos en biotecnología.
• 6. Herramientas de navegación.

UNIDAD DIDÁCTICA 2. PROGRAMAS INFORMÁTICOS APLICADOS A BIOTECNOLOGÍA.

• 1. Sistemas de almacenamiento de datos de origen biológico.
• 2. Sistemas de control distribuido.
• 3. Herramientas de software para diseño de bases de datos relacionales.
• 4. Bases de datos de biología molecular.
• 5. Lenguajes y programas especializados de utilización en biotecnología.
• 6. Programas de estadística y de representación gráfica.
• 7. Herramientas de depuración informática.
• 8. Optimizadores de consultas.

UNIDAD DIDÁCTICA 3. APLICACIÓN DE NORMAS DE CALIDAD Y DE ÉTICA A LA BIOINFORMÁTICA.

• 1. Normas de calidad para el funcionamiento de los dispositivos y herramientas de software.
• 2. Normas de calidad para detectar anomalías en el funcionamiento del hardware y el software.
• 3. Copias de seguridad de la información de los datos del equipo.
• 4. Libro de registro de las copias de seguridad.
• 5. Manuales de herramientas de búsqueda.
• 6. Procesos de optimización y algoritmos aplicables en biotecnología.
• 7. Programas relacionados con el análisis de secuencias de ácidos nucleicos y otras moléculas.
• 8. Programas relacionados con análisis de variabilidad genética mediante marcadores moleculares.
• 9. Administración, seguridad y ética en entornos informáticos.
• 10. Privacidad de la información genética.
• 11. Proceso éticamente adecuado de la información genética gestionada.

MÓDULO 2. APLICACIÓN DE HERRAMIENTAS DE SOFTWARE Y MÉTODOS COMPUTACIONALES A LA INFORMACIÓN BIOTECNOLÓGICA
UNIDAD DIDÁCTICA 1. EMPLEO DE PROGRAMAS INFORMÁTICOS DE APLICACIÓN EN BIOTECNOLOGÍA.

• 1. Introducción a la programación de Bases de Datos.
• 2. Aplicaciones de uso biotecnológico en ordenadores y herramientas web relacionadas (Consultas de Bases de datos en biología molecular: SRS).
• 3. Herramientas de navegación.
• 4. Manejo de programas de representación gráfica.
• 5. Adaptación de la programación mediante scripts en Perl.
• 6. Sistemas de almacenamiento de datos de origen biológico.
• 7. Tipos de bases de datos biológicas.
• 8. Modelos de integración.
• 9. Programas relacionados con el análisis de secuencias de ácidos nucleicos y otras moléculas.
• 10. Programas relacionados con análisis de variabilidad genética mediante marcadores moleculares.

UNIDAD DIDÁCTICA 2. EMPLEO DE PROGRAMAS Y BASES DE DATOS PARA IDENTIFICAR Y MODELAR GENES.

• 1. Localización y enmascaramiento de secuencias repetidas.
• 2. Métodos de comparación.
• 3. Análisis de la secuencia de ADN a nivel de nucleótido.
• 4. Análisis de señales.
• 5. Búsqueda en bases de datos de secuencias expresadas.
• 6. Tipos de bases de datos biológicas.
• 7. Referencias cruzadas con otras bases de datos.
• 8. Bases de datos de secuencias.
• 9. Principales bases de datos:

UNIDAD DIDÁCTICA 3. SISTEMAS DE ALMACENAMIENTO DE DATOS DE ORIGEN BIOLÓGICO.

• 1. Microchip.
• 2. Memoria RAM.
• 3. Disco duro.
• 4. Dispositivos portátiles: CD-ROM , DVD , Memoria USB.

MÓDULO 3. ORGANIZACIÓN, DOCUMENTACIÓN Y COMUNICACIÓN DE DATOS BIOTECNOLÓGICOS
UNIDAD DIDÁCTICA 1. APLICAR LA BIOINFORMÁTICA EN EL ANÁLISIS DE SECUENCIA Y GENOMAS.

• 1. Análisis de secuencias y genomas: Algoritmos para el alineamiento de secuencias y búsquedas en bases de datos.
• 2. Detección y modelado de genes.
• 3. Herramientas para el análisis de genomas.
• 4. Comparación de genomas.
• 5. Selección de rutas metabólicas.
• 6. Métodos para el análisis de datos masivos en genómica funcional y proteómica.
• 7. Algoritmos y estrategias básicas en biología molecular.
• 8. Métodos de reconstrucción filogenético.

UNIDAD DIDÁCTICA 2. APLICAR LA BIOINFORMÁTICA PARA PREDECIR LA ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS Y ANÁLISIS DE DATOS DE GENÓMICA ESTRUCTURAL.

• 1. Estructura de proteínas y DNA.
• 2. Comparación de estructura de proteínas.
• 3. Métodos de encaje entre proteínas, y entre moléculas pequeñas y proteínas.
• 4. Comparación de genomas.
• 5. Selección de rutas metabólicas.
• 6. Métodos para el análisis de datos masivos en genómica funcional y proteómica.

PARTE 2. BIOINFORMÁTICA APLICADA AL DESARROLLO DE MEDICAMENTOS
UNIDAD DIDÁCTICA 1. INTRODUCCIÓN A LA BIOINFORMÁTICA.

• 1. Intentando definir la bioinformática.
• 2. Relevancia actual de la bioinformática.
• 3. Formatos de ficheros y bases de datos.
• 4. Proveedores institucionales de datos.
• 5. Herramientas locales y de internet.

UNIDAD DIDÁCTICA 2. HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES.

• 1. Sistemas operativos alternativos: introducción a Unix/Linux.
• 2. Órdenes en línea de comandos y filosofía de órdenes encadenadas (pipes).
• 3. Lenguajes de programación: Perl como ejemplo.
• 4. Estructuras de datos, entrada/salida y funciones en Perl.
• 5. Herramientas estadísticas: R como ejemplo.
• 6. Librerías específicas de bioinformática: Bioconductor como ejemplo.
• 7. Gestores de bases de datos: SQL como ejemplo.
• 8. Detrás de las páginas web: HTML, Formularios, CGI, PHP, gestores de contenidos.

UNIDAD DIDÁCTICA 3. ALGORITMOS.

• 1. Búsqueda de patrones en secuencias.
• 2. Alineamiento de secuencias: Dotplots y programación dinámica.
• 3. Algoritmos heurísticos: FastA, BLAST y Clustal.

UNIDAD DIDÁCTICA 4. BIOINFORMÁTICA APLICADA.

• 1. Análisis de secuencias genómicas (FastA y BLAST).
• 2. Más allá de BLAST: Prosite (búsqueda de patrones).
• 3. Transcriptómica (microarrays y qRT-PCR).
• 4. Minería en datos masivos (high throughput screening).
• 5. Biología de sistemas: Gene Ontology database (GO).
• 6. Análisis de la variación (polimorfismos).
• 7. Análisis de las relaciones evolutivas (filogenias).
• 8. Biología estructural tridimensional: PDB.