La investigación histórica es el eje central del Doctorado en Historia de la Universidad de los Andes. Al finalizar el programa, se espera que los estudiantes hayan hecho, por medio de sus investigaciones y trabajo de tesis, un aporte significativo al conocimiento histórico en Colombia y en la región. El plan de estudios del Doctorado en Historia de Los Andes gira alrededor del trabajo investigativo y está organizado de tal forma que los estudiantes puedan sacar el mayor provecho de los espacios académicos brindados por el programa. A partir del tercer semestre, una vez hayan aprobado los cursos de la fase de fundamentación, los estudiantes comenzarán formalmente a desarrollar su proyecto de investigación. De esta forma, el Doctorado en Historia de Los Andes pretende contribuir a la generación de conocimientos e interpretaciones novedosas sobre la historia, que sean pertinentes para la comprensión del país y de la región.