El programa de la Maestría en Economía Aplicada MEcA tiene como principal objetivo formar a los estudiantes interesados en recibir una capacitación avanzada en economía que les permita aplicar tales conocimientos en la resolución de problemas prácticos y empíricos tanto en el sector público como en el sector privado. El programa, a completarse en un año y medio, ofrece un módulo de nivelación (obligatorio para aquellos estudiantes que lo requieran); un ciclo obligatorio en el cual al estudiante se capacita en el manejo de grandes bases de datos y se introduce en la práctica de la microeconometría; y tres áreas de profundización de las cuales se debe elegir una: (i) Competencia, regulación y economía sectorial; (ii) Análisis y evaluación de políticas públicas, programas y proyectos de inversión; y (iii) Economía del medio ambiente y los recursos naturales.

El programa va dirigido a profesionales universitarios, economistas o no, interesados en aplicar los conceptos económicos a necesidades prácticas del mercado laboral, sea en el sector público o privado. Los egresados tienen la capacidad de elegir entre las diferentes herramientas de la teoría y la práctica económica para resolver los problemas prácticos con los que deben lidiar en el mundo laboral. En general, el graduado de la MEcA es capaz de enfrentarse a preguntas relevantes en el ámbito económico, las cuales contesta bien sea desarrollando el análisis conceptual necesario, o bien elaborando modelos empíricos basados en el uso de técnicas computacionales o estadísticas.

El programa de Especialización en Economía comparte cursos con la Maestría en Economía Aplicada MEcA. Los estudiantes de la Especialización en Economía tienen la opción de continuar con la MEcA, homologando bajo ciertas condiciones, las materias cursadas en la Especialización.