Las líneas de investigación del doctorado son las siguientes:

- Línea 1: Ordenamiento jurídico, fuentes e instituciones de la Unión Europea. Sistema territorial europeo.

- Línea 2: Ciudadanía y construcción europea.

- Línea 3: Gobernanza y organización económica y política.

- Línea 4: Origen y evolución del sistema multinivel de derechos fundamentales.

- Línea 5: Los derechos fundamentales en Europa y sus garantías institucionales.

- Línea 6: Jurisdicción constitucional, jurisdicción internacional y de la UE y jurisdicción del Tribunal Europeo de Derechos Humanos.

- Línea 7: Las garantías jurisdiccionales de los derechos fundamentales.